Nous sommes en 2034. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d’une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d’évènements complexes et leur enquête révèle l’implication d’un hacker de classe archi-mage, nommé le Marionnettiste, à la source de tous les accidents. Quelle est la vérité cachée derrière ces crimes au design parfait ?

- Aucun connu à ce jour.