Alors que l’Homme a pris possession des terres immergées, l’Océan est le théâtre de nouveaux enjeux. Des naufrages se produisent fréquemment autour des fosses sous-marines japonaises, et une mystérieuse nation semble en être à l’origine. Au même moment, le docteur Oki, inventeur de génie créateur d’un nouveau type révolutionnaire de sous-marin disparaît, entraînant à sa recherche son plus jeune fils, Susumu. Ce dernier est persuadé qu’il existe un lien entre les ravisseurs de son père et l‘“Empire des Mers” qui se prétend maître des ressources marines. S’engage alors une course-poursuite haletante dans les profondeurs de l’océan…